讀書種子
　　首先，他是中國歷史上最早被譽爲「讀書種子」的大儒。這一美譽是明成祖朱棣的高參姚廣孝的創意。
　　姚廣孝瞭解方孝孺，破城之前，曾請求朱棣，稱看重氣節的方孝孺不會輕易歸順，希望手下留情不要加害，否則天下讀書種子絕矣。《明史·方孝孺列傳》記載：
　　成祖發北平，姚廣孝以孝孺爲託，曰：「城下之日，彼必不降，幸勿殺之。殺孝孺，天下讀書種子絕矣。」
　　朱棣當初是應允的，但在金鑾殿上，由於方孝孺的極不配合，嗜殺成性的朱棣最終違背了諾言，殘暴地滅了他的十族。
　　說到方孝孺，古往今來的志士仁人心情都會非常沉重。惟有「讀書種子」這一美譽，爲人們所喜聞樂見。知識改變命運，不管改朝換代，滄海桑田，讀書求知永遠是人間真理。

滅十族
　　第二個典故是「滅十族」。歷史上只有「滅九族」的酷刑，有史以來，「滅十族」惟方孝孺一人。
　　朱棣篡位後，請「讀書種子」、第一大儒方孝孺爲他起草登基公告，當然爲思想正統、極端忠於前皇的方孝孺所拒絕。《明史·方孝孺列傳》有這樣記載：
　　成祖降榻，勞曰：「先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。」孝孺曰：「成王安在？」成祖曰：「彼自焚死。」孝孺曰：「何不立成王之子？」成祖曰：「國賴長君。」孝孺曰：「何不立成王之弟？」成祖曰：「此朕家事。」顧左右授筆札，曰：「詔天下，非先生草不可」孝孺投筆於地，且哭且罵曰：「死即死耳，詔不可草。」成祖怒，命磔諸市。
　　因爲有求方孝孺，當方孝孺批駁朱棣將篡位辨解爲「法周公輔成王」時，朱棣還是保持耐性說是皇室家事，意爲讓方孝孺迴避。偏偏方孝孺頂真到底，寧死不屈，暴君就露出了本性。
　　也許是《明史》主編張廷玉等人對暴君朱棣有惻隱之心，《方孝孺列傳》只是說他被凌遲磔殺，並未記載被滅十族，株連坐死847人（一作873人）等字眼，但明崇禎《《寧海縣誌·方孝孺傳》、《明史紀事本末》、明末鄉賢大家黃宗羲的《方正學孝孺》、《文正方正學先生孝孺》等大量文獻都記載他被滅了十族。另外，崇禎年間編篡的《熹宗實錄》也記載了方孝孺被夷十族的故事，而且還記載了當年方孝孺的幼子被人救出，逃出生天，假借餘姓延續方姓一脈，至天啓二年，方孝孺十世孫伏闕上書以聞，得以贈恤的故事。
　　己亥，詔恤先臣方孝孺遺胤。孝孺在建文朝以侍讀學士直文淵閣，當靖難師入，以草詔不從，致夷十族。其幼子德宗幸寧海謫尉魏澤匿之，密託諸生餘學夔負入松江島嶼，以織網自給。華亭俞允妻以養女，因冒餘姓，遂延一線。至是，其十世孫方忠奕以貢來京，伏闕上書，得旨：方孝孺忠節持著，既有遺胤，準與練子寧一體恤錄。
　　除了死去的800多冤魂，更有數千人被流放、充軍，其中不少被折磨致死。「滅十族」是永樂皇帝朱棣的創舉，人們在惋惜方孝孺迂腐愚忠的同時，更應譴責朱棣的殘暴。但他的殘暴是針對他的敵人，對於百姓和臣服他的人還是很寬容的

臺州式的硬氣
　　第三個典故是現代文豪魯迅給予的，他在紀念「左聯」五烈士的著名散文《爲了忘卻的紀念》一文中，將柔石與方孝孺相提並論爲「臺州式的硬氣」：
　　古代寧海隸屬臺州。這一點評頗爲經典。方孝孺作爲封建皇族內部爭鬥的犧牲品，他的愚忠不足爲取，惟有寧爲玉碎不爲瓦全的氣節爲後人所敬仰。當代寧海人、臺州人都非常認同並讚賞這一評論，寧海還將其中的硬氣評選爲寧海精神之一。

思想主張
　　方孝孺主張作文要「神會於心」，反對摹擬剽竊，其文風格豪放雄健。《四庫全書總目》說他「學術醇正」，文章「乃縱橫豪放，頗出入於東坡、龍川之間」。他的散文常以物喻理，直抒胸臆，文筆暢達，言簡意明，爲時人所傳誦。如《蚊對》一文，以蚊喻人，揭露世之衣冠禽獸公然在白晝「乘其同類之間而陵之，吮其膏而醢其腦，使其餓踣於草野，流離於道路」的猙獰面目。並指出對這些食人者如採取聽之任之的態度，不是「君子先人後身之道」。《指喻》一文,則以「拇病爲戒」，指出囧「天下之事發於至微而終爲大患」，勸喻人們要防患於未然。

個人作品
　　方孝孺說，他是見「世人之好誕者死於誕，……而終身不知其非者」而作(《遜志齋集》卷六)。可見《越巫》是作者有感於明初「好誕」「好誇」的不良風尚，作之以爲世戒的警世振俗之文。文章生動地描述了慣於裝神弄鬼的越巫，被惡少裝鬼而嚇死的故事，鞭撻了招搖撞騙、自欺欺人的越巫之流；也形象地揭示了騙人者始則害人、終則害己這一古訓。敘事生動而簡潔，立意正大而警策，作者雖不加議論褒貶，但傾向鮮明，讓人領悟妄人欺人者「不自知其非」的可悲。這在「終身不自知其非者衆矣」的封建社會，具有警世作用。方孝孺的著作今存《遜志齋集》及《方正學先生集》等。由於永樂中凡藏有他文章的俱遭死罪，留傳於世的詩文是由後人輯錄的，因此其中難免雜有他人之作。據《南濠詩話》記載,《勉學》24首是陳子平作,《漁樵》1首爲楊孟載作，《牧牛圖》爲元人詩。

早年經歷
　　方孝孺，字希直，又字希古，寧海人。父親方克勤，是洪武年間的一名奉公守法的官吏，在《明史·循吏》中自有傳記。方孝孺年幼時十分機警敏捷，兩眼炯炯有神，每天讀書超過一寸厚。鄉親們稱他爲「小韓愈」。成年後跟着宋濂學習，宋濂的門生中的知名文人都不及他。就連前輩的胡翰，蘇伯衡也自認不如。方孝孺反而輕視文辭寫作的學問，常以宣明仁義治天下之道、達到時世太平爲己任。他曾因病臥牀，家中糧食斷絕。僕人將情況向他報告，他笑着說：「古人三十天僅進食九次，貧窮困擾何止我家啊！」父親方克勤因「空印」事獲罪而被處死，他扶持靈柩歸鄉安葬，哀情感動了行路的人們。

步入仕途
　　洪武十五年（1382年），因吳沉、揭樞的推薦，被朱元璋召見。朱元璋欣賞他舉止就莊嚴肅，對皇太子朱標說：「這是一個品行端莊的人才，你應當一直用他到老。」隨後按照禮節送他回家。後來，被仇家連帶舉發，逮捕到京，朱元璋在案卷上看到他的名字，便釋放了他。

　　洪武二十五年（1392年），又因爲別人的推薦被召到宮廷。朱元璋說：「現在還不是任用方孝孺的時候。」授予其漢中教授之職，每天給衆儒學生員講學，毫不倦怠。蜀獻王朱椿聽說方孝孺的賢名，聘請他當世子的教師。他每次見面，就向世子陳說道德。蜀獻王以特殊的禮遇表示對他的敬重，把他讀書的廬舍命名爲「正學」。

　　到朱允炆即位，徵召他任翰林侍講。第二年又升調他做詩講學士，國家重大的政事皇帝都要向他詢問。朱允炆喜歡讀書，每當碰上疑難，就召見他讓他講解。朱允炆臨朝，百官奏事，決定羣臣的面議可否施行時，朱允炆有時命令方孝孺趨身屏風之前批答文書。當時修撰《太祖實錄》以及《類要》諸多典籍，方孝孺都擔任總裁。更定職官制度時，方孝孺的官職改爲文學博士。燕王朱棣起兵南下，朝廷議定討伐，詔令、檄文皆出於方孝孺的手筆。

輔佐建文
　　建文三年（1401年），燕軍攻掠大名府。朱棣聽到齊泰、黃子澄已經奔竄的消息，上書請求朱允炆命盛庸、吳傑、平安諸將停止軍事行動。方孝孺建議：「燕軍長期駐紮在大名府，天氣暑熱降雨，他們應該會不戰自疲。火速命令遼東諸將進入山海關，進攻永平府，真定府諸將過盧溝橋直搗北平，燕王他一定回軍救援。我方以大量軍隊追隨燕王之後，可以取得擒拿他的結局。現在他的奏事文書恰好送到，應暫且給以答覆，文書往返時間超出一月，就會使得他的將士心 意懈怠。我方商定合擊的態勢，進而消滅燕軍，就不會很費事了。」朱允炆表示贊同，命令方孝孺起草詔書，派遣大理寺少卿薛巖乘車馬疾行，答覆燕王，完全赦免燕王的罪行，讓他罷兵迴歸自己的屬地。又寫下傳佈的諭旨數千字交給薛巖，拿到燕軍之中，祕密散發給衆將士。薛巖到燕軍中，他將諭旨藏匿起來，不敢出示給將士們，燕王也沒有尊奉詔令。

　　建文三年（1401年）五月，吳傑、平安、盛庸派遣軍隊擾亂燕軍糧餉運輸線。朱棣又派遣指揮武勝上書朱允炆，伸訴以前的請求。朱允炆想要應允，方孝孺說：「此時若停止軍隊作戰，以後就難以再次凋動集中了，願皇上不要被燕王所迷惑。」朱允炆便殺了武勝來，拒絕朱棣的請求。不久，燕兵搶掠了沛縣，燒燬糧船。這時候，討伐河北的軍隊疲乏無功，而德州運送糧餉的道路又被斷絕，方孝孺以此深感憂慮。由於朱棣的世子朱高熾性情仁厚，他的弟弟朱高煦則狡獪譎詐，又得到朱棣的寵愛，曾想奪取世子的地位，方孝孺謀劃用計策離間他們，造成他們內部變亂。於是將這一建議稟報朱允炆，派遣錦衣衛千戶張安攜帶着有皇帝璽印的書信，前往北平賜予燕世子。世子收到書信沒有啓封，連同張安一起送往燕王軍前，方孝孺的離間計謀無法實行。

　　建文四年（1402年）五月，燕軍到達江北，朱允炆下詔徵集各地軍隊。方孝孺說：「事情太緊迫了。派人前去以割地向燕王作許諾，拖延幾天，東南一帶徵募的軍隊會漸漸彙集，北方軍隊不善於駕舟操揖，決戰於江上，勝負還是難見分曉的。」朱允炆派遣燕王的堂姐慶成郡主前往燕王軍中，陳述割地議和的條件，燕王不聽。朱允炆命衆將調集水軍於江上，而陳瑄率戰艦投降了朱棣，燕軍便渡過了長江，時間是六月乙卯日。朱允炆憂慮畏懼，有人勸他前往別的地方，圖謀復興。方孝孺堅決請求守衛南京城池以待援軍，即使事不成功，也應爲社稷而死。乙醜日，金川門大開，燕軍入城，朱允炆自焚。這一天，方孝孺也被抓進了監獄。

被誅滅族
　　當初，朱棣率軍從北平出發時，姚廣孝把方孝孺託付給朱棣，說；「南京城攻下之日，他一定不投降，希望不要殺他。殺了方孝孺，天下的讀書種子就滅絕了。」朱棣點頭應承。

　　至此，朱棣想要方孝孺起草即位詔書。方孝孺被召到朝廷，悲切哀慟的聲息響遍大殿的臺上臺下。朱棣走下臥榻慰問他說：「先生不要自取憂苦，我的打算只是想要仿效周公輔佐成王的方式。」方孝孺問：「周成王在哪裏？」朱棣答：「他自焚而死。」方孝孺又問：「爲什麼不立成王的兒子？」朱棣說：「國家有賴於成年的君王。」方孝孺說：「爲什麼不立成王的弟弟？」朱棣答道：「這是我們朱家的事。」回頭示意左右侍者授予方孝孺紙筆，說道：「詔示天下，非得由先生您來起草不可。」方孝孺把筆擲到地上，邊哭邊罵道：「死就死了罷，詔書我絕不能起草。」朱棣發怒，命令將方孝孺車裂於街市。建文四年六月二十五日（1402年7月25日），方孝孺慷慨赴死，作絕命之詞說道：「上天降下戰亂憂患啊，誰知道其中的緣由，奸邪的臣子如了願啊，求取國柄耍弄計謀。忠正的臣子憤怒悲怨啊，血淚淌流；以此血淚爲君殉葬啊，或者另有什麼企求。嗚呼哀哉的悲鳴啊，大概不是我的怨尤。」時年四十六歲。他的門生、德慶侯廖永忠的孫子廖鏞與其弟廖銘收拾他的遺骨，掩埋在聚寶門外的山上。

　　方孝孺有位兄長方孝聞，他致力學問，舉止淳厚，先於方孝孺去世。弟弟方孝友與方孝孺一同赴刑場，也賦詩一首而死。妻子鄭氏及兩個兒子中憲、中愈事先自縊身亡，兩個女兒跳進秦淮河溺死。

　　方孝孺的著作從此也被列爲禁書，永樂年間凡藏書者皆爲死罪。但是，仍有人冒死藏之，如《侯城集》等，使方孝孺的文章得以傳世。

身後之事
　　朱高熾即位後，吩咐禮部：「建文朝衆臣，已遭處決示衆。他們的家屬淪爲官籍奴僕者，都釋放爲民，發還他們田地。其外親戍邊者，只留下一人於戍守之處，其餘釋放還鄉。」

　　萬曆十三年（1558年）三月，釋放因方孝孺獲罪而被貶謫守邊者的後裔，浙江、江西、福建、四川、廣東共有一千三百多人。然而方孝孺一家死絕，無後代，惟有方克勤之弟方克家有兒子名孝復。洪武二十五年（1392年），方孝復曾上書皇帝，請求減損信國公湯和增收的寧海縣的賦稅，被貶謫戍守慶遠衛，因編入軍籍，在誅滅方孝孺「十族」時得以免死。方孝復的兒子方琬，後來也獲釋爲民。明世宗時，松江人俞斌自稱是方孝孺的後裔，一時士大夫們都相信了他的話，還爲此纂成《歸宗錄》。不久方氏覺察到其中的虛假，告到官府，才了結此事。明神宗初年，有詔旨褒揚、編錄建文朝的忠臣，在南京建起表忠祠，被旌表者，徐輝祖爲首，其次就是方孝孺。