陳恭尹「修髯偉貌，氣局深沉」，其父陳邦彥爲明末嶺南抗清主力，與陳子壯、張家玉一起，被尊爲「嶺南三忠」。隆武二年（1646）清軍陷廣州，其父陳邦彥舉兵抗清，兵敗被俘，被清軍寸磔於市，全家除陳恭尹僥倖逃走外均同時遇難。喪親之痛，延續到陳恭尹晚年，仍無法釋懷。他晚號「獨漉子」，取自古樂府：「獨漉獨漉，水深泥觸。……父冤不報，欲活何爲！」南明時，陳恭尹進朝泣陳其父爲國殉難情狀，永曆帝授以世襲錦衣衛指揮僉事之職。

　　其父陳邦彥是明末清初廣東抗清鬥爭的發起人之一，也是一位享有聲譽的宿儒。他自小受父親的思想影響頗深，並在父親的指教下攻讀詩書，擅長寫詩作賦。永曆元年（1647），他的父親於戰敗後被清軍俘獲並處死，全家除陳恭尹僥倖逃走外均同時遇難。其後，他爲報家仇而參加反清鬥爭，並往返於福建、浙江、江蘇等地聯繫抗清的各地義軍。永曆十二年（1658），他赴雲貴一帶欲投奔南明永曆帝，未遇，遂返回增城定居。至永曆十六年（1662），南明永曆帝被清廷俘獲處死，陳恭尹中止了聯絡反清志士的活動，潛居家鄉專致讀書達十幾年之久。其間，與名詩人屈大均結交甚深，並一度與平南王尚可喜有詩詞唱酬的交往。永曆三十二年（1678），因與尚可喜有舊交而被指涉嫌參與「三藩之亂」遭官府逮捕下獄。被關押半年後始出獄，定居在廣州城南。自此後他的意志較消沉，移志於詩詞歌賦的創作，與友人結成詩社相互唱和，被時人稱爲「嶺南七子」。陳恭尹的詩尤擅七律詩。他的詩大多以感懷身世，矢志抗清、反映民疾及描述嶺南風物爲主題。晚年雖多與清廷權貴唱酬，但始終不肯出任新朝的官職。他爲其居所取名「獨漉堂」，以暗喻家仇未報，匡復之志未滅之意。他的隸書書法爲清初獨步廣東的第一人。遺著有《獨漉堂集》。

　　南明亡後，陳恭尹定居廣州，與友人何衡、何絳、陶窳、梁槤相與砥礪名節，發憤讀書，世稱「北田五子」。 後「三藩之亂」爆發，屈大均從吳軍於桂。陳恭尹與屈相交甚深，又「以名重爲時所指目」，永曆三十二年（1678），陳恭尹被捕下獄，關押二百日後始得解脫。從此心懷畏懼，壯志漸消，避跡隱居，自稱「羅浮布衣」。晚年寄情詩酒，曾與清廷權貴唱酬，曾被梁槤當面叱問「何事而僕僕走風塵？」又被譏諷「可憐一代夷齊志，錯認侯門是首陽」。但陳恭尹並非改弦更張，他終其一生仍不仕清。馮奉初在其傳記中解釋，與權貴唱酬是陳求自保之策：「及得脫，自念身歷滄桑，恐終不爲世所容，乃築室羊城之南，以詩文自娛；貴人有折節下交者，無不禮接。「於是冠蓋往來，人人得其歡心。議者或疑其前後易轍，不知其避禍既深，跡彌近而心彌苦矣。」 這也是爲什麼陳恭尹之前自號「半峯」，表示初老山林的志向，晚年把號改爲「獨漉」，身世之痛反而隱含更深。晚年，陳恭尹在廣州育賢坊建小禺山舍，以遺民身份終老。清康熙三十九年（1700），病逝於廣州，葬於市郊祥雲嶺南麓。