儘管呂祖謙一生屢遭不幸，但在學業上體現的那種寬宏函容和兼收幷蓄的精神，仍使他獨樹一幟，成爲南宋一位重要學者和思想家。清代學者全祖望在校補《宋元學案》的過程中，很能發現呂祖謙爲學的特點，他說：「宋乾、淳以後，學派分而爲三：朱學也，呂學也，陸學也。三家同時，皆不甚合。朱學以格物致知，陸學以明心，呂學則兼取其長，而復以中原文獻之統潤色之。門庭徑路雖別，要其歸宿於聖人則一也。」他還說：「小東萊之學，平心易氣，不欲逞口舌以與諸公角，大約在陶鑄同類以漸紀其偏，宰相之量也。」這確是呂祖謙的風格和爲學特點，而表現這一風格和爲學特點的，莫過於他促成了朱、陸的「鵝湖之會」。

　　所謂「鵝湖之會」，是指以朱熹爲首和以陸九淵爲首的兩個針鋒相對的學派，於淳熙二年（1175）在江西信州鵝湖寺舉行的一次辯論會，這是我國哲學史和思想史上一次重要的聚會，爲時三天，於當年六月八日結束。《象山全集》所附《年譜》，引有陸九淵門人朱亨道的一段話：「鵝湖講道，切誠當今盛事。伯恭蓋慮陸與朱議論猶有異同，欲會歸於一，而定其所適從，其意甚善，伯恭蓋有志於此。語自得，則未也。」呂祖謙自己亦曾回憶此事說：「某留建寧凡兩月餘，復同朱元晦至鵝湖，與二陸及劉子澄諸公相聚切磋，甚覺有益。元晦英邁剛明，而工夫就實入細，殊未可量；子靜亦堅實有力，但欠開闊耳。」一個「就實入細」，一個「欠開闊耳」，一褒一貶，判然分明。足見就總體來說，呂祖謙是傾向於朱熹，而對陸九淵是有所批評的。

　　呂祖謙十分注意讀史。朱熹對呂學有所評述。一次，門人黃義剛向老師「問東萊之學」。朱熹便回答他：「伯恭於史分外仔細，於經卻不甚理會。」又一次，朱熹問他的門弟子吳必大：「向見伯恭，有何說？」必大回答：「呂丈勸令看史。」朱熹對此很不滿意，發議論說：「他此意便是不可曉！某尋常非特不敢勸學者看史，亦不敢勸學者看經。只《語》、《孟》亦不敢便教他看，且令看《大學》。伯恭動勸人看《左傳》、遷《史》，令子約諸人抬得司馬遷不知大小，恰比孔子相似！」這裏朱熹的意見顯然十分偏頗，既不勸學者讀史，也不勸學者看經，甚至連《論語》、《孟子》「也不敢便叫他看」，而只令「看《大學》」一種，也不過是自己的一己之見，並沒有什麼十足的道理可言。

　　呂祖謙既重視讀史，他勸人看《左傳》、讀《史記》便是理所當然的了。呂祖謙十分重視通史，他留下的未竟史著《大事記》12卷（通釋3卷，解題12卷），就是一部本擬「起春秋，後訖於五代」的編年體通史。可惜天不假年，他只寫到漢武帝徵和三年便去世了。不過，從他留下的這部分書看，這是一部嚴謹的史著，連對呂祖謙教人讀史頗有微詞的朱熹也不得不承認，「其書甚妙，考訂得子細」。這部書，每個事目都註明出典，如周敬王四十一年（即魯哀公十六年），「夏四月，孔子卒」。便註明：「以魯史、《左傳》修。」每條都如此，一絲不苟。本書另附通釋3卷，解題12卷。呂祖謙說：「《大事記》者，列其事之目而已，無所褒貶抑揚也。熟復乎通釋之所載，則其統紀可考矣。解題蓋爲始學者設，所載皆職分之所當知，非事雜博、求新奇，出於人之所不知也……凡所記大事無待箋註者，更不解題。」可見解題就是箋註讀這一條應當掌握的知識。仍以上條「孔子卒」爲例，解題說：「魯史、《左傳》皆書己醜。杜預曰，四月十八日乙醜，無己醜；己醜五月十二日，日月必有誤。孔子生於魯襄公二十二年，至是年七十三。」這的確都是「職分之所當知」的事。而通釋，則正如陳振孫所說，是「經典綱要，孔孟格言，以及歷代名儒大議論」。「學者考通釋之綱，玩解題之旨，斯得先生次輯之意雲」。

　　呂祖謙於讀史極下功夫，有《十七史詳節》273卷傳世。誠如清代四庫館臣所說：其書「所錄大抵隨時節鈔，不必盡出精要」。看來這是呂祖謙讀史時隨手抄出的，具有選本性質，故得流傳。

　　另一較有影響的史著是《東萊博議》，又稱《左氏博議》，雖是「爲諸生課試之作」，卻多有呂祖謙的真知灼見。全書共4卷，選《左傳》文66篇，分析透徹，議論明達，不少地方，闡發了他卓越的史學思想。如在《曹劌諫觀社》一文，呂祖謙便盛讚了史官的直筆。他說：「當是時，人君之言動，史官未有不書者。爲君者視以爲當然而不怒，爲史者視以爲當然而不疑，此三代之遺直也。其後管仲之戒齊桓也，曰作而不記，非盛德也。管仲之所言雖是，而已開作而不記之端也。又其後，周王之私犒晉使也，曰，非禮也，勿籍。周王之所舉已非，而且顯然戒史官以勿籍矣。然一時之史官世守其職，公議雖廢於上，而猶明於下。以崔杼之弒齊君，史官直書其惡，殺三人而書者踵至。身可殺而筆不可奪，鈇鉞有敝，筆鋒益強。威加一國，而莫能增損汗簡之半辭，終使君臣之分、天高地下，再明於世，是果誰之功哉！」又說：「使其阿諛畏怯，君舉不書，簡編失實，無所考信，則仲尼雖欲作《春秋》以示萬世，將何所據乎？無車則造父不能御，無弓則後羿不能射，無城則墨翟不能守。大矣哉，史官之功也！」這種對古代史官的高度評論，在理學大盛的南宋，可謂不同凡響，反映了呂祖謙重視史學、重視文獻有徵的求實精神。

　　呂祖謙在任史官時，曾參與編修《徽宗皇帝實錄》200卷，又曾奉旨校正《聖宋文海》，這就是由他重新編選的《宋文鑑》。這部書共150卷，所涉詩文集800餘家。其書「斷自中興以前」，保存了北宋大量的詩文。呂祖謙曾對他的侄子呂喬年說：「國初文人尚少，故所取稍寬。仁廟以後，文士輩出，故所取稍嚴，如歐陽公、司馬公、蘇內翰、黃門諸公之文，俱自成一家，以文傳世，今姑擇其尤者，以備篇帙。或其人有聞於時，而其文不爲後進所誦習，如李公擇、孫莘老、李泰伯之類，亦搜求其文，以存其姓氏，使不湮沒。或其嘗仕於朝，不爲清議所予，而其文自亦有可觀，如呂惠卿之類，亦取其不悖於理者，而不以人廢言。」都可見呂祖謙在選文時的良苦用心。此書初成，朱熹並無讚辭，但晚年經過仔細研讀，卻說：「此書編次，篇篇有意……其所載奏議，皆系一代政治之大節，祖宗二百年規模，與後來中變之意思，盡在其間，讀者着眼便見。」足見本書的編選是極有功力的。

　　家世顯赫

　　生於宋高宗紹興七年三月十七日（1137年4月9日）。他出身官宦世家。九世祖呂夢奇，唐末五代時東萊人，曾任後唐戶部侍郎，乃呂蒙正、呂蒙亨之祖父；八世祖呂龜祥，殿中丞，知壽州，遂家於壽州；七世祖呂蒙亨，官至大理寺卿，其從父兄呂蒙正，爲宋太宗太平興國二年（977年）狀元；六世祖呂夷簡、五世伯祖呂公弼、五世祖呂公著，皆曾入朝爲宰相。高祖呂希哲，自其以下，包括曾祖呂好問、伯祖呂本中、祖呂弸中、父呂大器等，皆爲朝廷命官。如此一代一代連續不斷地在朝爲官，在宋以前和以後的歷朝中不多見。

　　呂氏家族除官位顯赫外，學業上也頗有建樹，清人王梓材在校訂《宋元學案·范呂諸儒學案》所加按語說：

　　「謝山（按指全祖望）《札記》：『呂正獻公家登學案者七世十七人。』考正獻子希哲、希純爲安定（按指胡瑗）門人，而希哲自爲《滎陽學案》。滎陽子切問，亦見學案。又和問、廣問及從子稽中、堅中、弸中，別見《和靖（按指尹焞）學案》。滎陽孫本中及從子大器、大倫、大猷、大同爲《紫微學案》。紫微之從孫祖謙、祖儉、祖泰又別爲《東萊學案》。共十七人，凡七世。然滎陽長子好問，與弟切問歷從當世賢士大夫遊，以啓紫微，不能不爲之立傳也。」

　　足見呂氏家學之深厚。全祖望的計算尚不準確，呂氏家族當入學案（指《宋元學案》）的，七世尚不止17人。所以《宋史·呂祖謙傳》說：「祖謙之學本之家庭，有中原文獻之傳。」

　　呂祖謙原籍壽州（治今安徽鳳臺），生於婺州（今浙江金華）。建炎年間，其曾祖父呂好問攜全家避難南遷，宦遊婺州，至其祖父呂弸中始定居其地。當時，學人多稱其伯祖呂本中（1084年—1145年）爲「東萊先生」，呂祖謙則稱爲「小東萊先生」。到了後世，一般均稱呂祖謙爲「東萊先生」了。

　　少時科試

　　呂祖謙在《除館職謝政府啓》中，對自己作了如下概括：「自其少時既奪移於科試，及乎壯齒，又堙廢於隱憂，竟失全功，徒憐初志。」這是頗合實際情況的。呂祖謙兒時，隨父親在福建任所，他先從師於林之奇，後隨父至臨安，又從師於汪應辰和胡憲。林之奇字少穎，一字拙齋，學者稱三山先生，是呂祖謙伯祖呂本中的門弟子。據《宋元學案》稱，呂本中「教之以廣大爲心，以踐履爲實，稱高弟」。從這個意義上說，呂祖謙又成了他伯祖呂本中的再傳弟子，足見其在學業上，受其伯祖影響最深。據《宋元學案》稱：「先生於學，博綜諸家。」這對呂祖謙有至關重要的影響。胡憲字原仲，是著名學者胡安國的侄子，從胡安國學，因居住在籍溪，故自號籍溪先生。「先生質本恬淡，而培養深固。平居危坐植立，時然後言。望之枵然，如槁木之枝，而即之溫然。雖當倉卒，不見其有疾言遽色。人或犯之，未嘗校也。」這些個人修養，亦對呂祖謙有很大影響。

　　紹興十八年（1148年）四月，呂祖謙祖父呂弸中致仕，呂祖謙得恩補爲將仕郎。

　　紹興二十七年（1157年），改爲迪功郎，監潭州南嶽廟。

　　紹興三十一年（1161年），爲右迪功郎，授嚴州桐廬縣尉，主管學事。這時，他才二十五歲。但呂祖謙並未看重這些官職，他甚至並沒有去上任，而一心要走科舉入仕的道路。

　　宋孝宗隆興元年（1163年），呂祖謙終於實現了他的願望。這年四月，先考中博學宏詞科，接着又中進士。孝宗特下詔「減二年磨勘，堂除差遣」。史臣在這裏還特別註明：「祖謙既中選，賜同進士出身，相繼放進士榜，又登上第，故有是命。」呂祖謙由此而特授左從政郎，改差南外敦宗院宗學教授。其制詞說：「爾兩科皆優選，宜有以旌其能，資敘超升，是亦常典，可特授左從政郎，差遣如故。」看來仕宦的生涯已向呂祖謙展開了坦途，但他的命運不濟，實際上，他所謂的「隱憂」也隨之到來了。就在呂祖謙連中兩科的前一年，即紹興三十二年（1162年），他的妻子韓氏（韓元吉之女）去世，所生男亦夭折。

　　乾道二年（1166年）十一月，他的母親去世，歸葬婺州。由於爲母親守喪，他只得以教授學子爲業。

　　乾道五年（1169年），他再娶韓氏（爲原配之妹），併到嚴州任所。

　　乾道六年（1170年），他升任太學博士，併兼國史院編修官、實錄院檢討官。次年（1171年）五月，第二任妻子韓氏又去世，所生女亦夭折，在精神上給呂祖謙帶來了極大痛苦。

　　乾道八年（1172年），父親因病告歸，並以這年二月去世。在守喪的三年中，他仍以教授學子和著述爲事。

　　淳熙三年（1176年），守喪期滿，因李燾的推薦，升任祕書省祕書郎，併兼國史院編修官與實錄院檢討官。這一年，正四十歲。這時，他已疾病纏身。

　　淳熙四年（1177年），又娶芮氏爲妻。

　　淳熙六年（1179年）七月二十八日，其妻芮氏又去世，這一年他四十二歲。

　　淳熙八年（1181年）七月二十九日（9月9日），呂祖謙病故，享年四十五歲。嘉定九年（1216年）正月，宋寧宗賜呂祖謙諡號爲「成」。

　　嘉熙二年（1238年），宋理宗改諡呂祖謙爲「忠亮」。後追封開封伯。景定二年（1261年），配享孔廟。