乾隆元年（1736年），登進士第，選翰林庶吉士。散館後，授翰林院編修。當時，乾隆皇帝命史館官員每日呈進經史講義，各抒己見，以考察其學問根底的深淺。蔡新呈進講義數十篇，深得讚許。

　　乾隆五年（1740年），噶喇吧（今屬印度尼西亞）發生荷蘭殖民者屠殺華僑的慘案，史稱「紅溪慘案」。翌年，福建巡撫奏聞於朝，並請「禁止南洋商販」以困之，朝臣意見不一。內閣學士方苞知道蔡新生長於閩南，且有經濟策略，就寫信徵求蔡新的意見。蔡新在回信中認爲，禁止通商有弊無利，只能引起沿海民衆財物損失和閩粵兩省財源睏乏。因而主張「靜加查察」，若噶喇吧繼續迫害中國商人，那也只禁止與噶喇吧通販，其餘南洋諸國「聽從民便」。方苞接受蔡新的意見，並向朝廷建議，遂得以實施。乾隆九年充江西副考官。

　　乾隆十年（1745年），蔡新奉命入直上書房，侍諸皇子講讀，並授翰林院侍講。不久，奉命督學河南。督學期滿後回京，仍直尚書房。皇帝知道他精通數學，懂得應用勾股弦原理進行開方的方法，命皇子於課餘時間向蔡新學習數學。有一天，乾隆皇帝問蔡新：「阿哥（皇子）學算法，哪個學得好。」蔡新婉轉地回答：「諸位阿哥天資都很聰明敏慧，學習日有進步，只是數學屬課餘興趣，有不感興趣的，只好由他去」。皇帝聽了，認爲蔡新因材施教，是合乎情理的。乾隆十一年督學河南，任滿，仍值上書房。十七年，典江西鄉試，任侍講學士，日講起居注官。未幾，遷內閣學士，再晉工部右侍郎，調刑部。

　　乾隆二十二年（1757年）秋，蔡新以母老，乞請歸養。歸家後，接奉聖諭，命爲內廷總師傅。蔡新上疏辭謝，請求留家奉母。又接乾隆皇帝親筆諭示：「非命汝即來供職，待日後耳」。乾隆三十四年（1769年），兼理兵部尚書兼管國子監事務。不久，調任禮部尚書。賜紫禁城騎馬，並照顧在澄懷園辦事。乾隆四十一年（1776年），再兼理兵部尚書。時蔡新已69歲，乾隆手書「武庫耆英」及紅絨結頂冠服賜給他。乾隆四十五年（1780年），轉爲吏部尚書兼國子監事務，授協辦大學士。乾隆四十六年十月（1776年），充《四庫全書》館正總裁之一。乾隆四十七年（1782年）五月，《四庫全書》纂修基本完成，請假回鄉修墓，奉旨給假一年，不必開缺。乾隆四十八年（1783年）六月，蔡新假滿抵京。七月，授文華殿大學士，兼吏部尚書，賜「黃扉宿彥」匾額。

　　乾隆五十年（1785年）正月，蔡新已78歲，出席千叟宴，朝廷大臣中以蔡新年齡最高。二月，皇帝按例親到闢雍（太學）講學，蔡新以大學士統領國子監，坐講《易經》中「天行健，君子以自強不息」。衆講官依次講授。乾隆御製《闢雍詩》，中有句「蔡新或備伯兄行」，並自注「若今之羣臣，孰可當三老五更之席者，獨大學士蔡新長予4歲，或可居兄事之列」。蔡新悚惶侷促，禮畢後，面懇乞休。皇帝允許以原官致仕，加授太子太師，令驛站車馬送回漳浦，沿途所經地方官在20裏以內照料護行，御製詩章以寵其行，詩中有「不忍言留合令歸，及歸臨別又依依」之句。在朝同僚、門生及部屬也都賦詩，爲他送行。

　　清嘉慶元年（1796年），蔡新已89歲。嘉慶皇帝御書「綠野恆春」匾額賜給蔡新，並賜蔡新子本俊官內閣中書。嘉慶四年（1799年）十二月，蔡新卒於家（位於漳浦縣大南坂，現名爲蔡新故居），享壽92歲。晉贈太傅，賜祭葬，諡文恭。