立儲之爭

　　明神宗長久未能確認太子人選，十餘年間立儲之事爭諫不絕。直到皇長子年滿十八，到了婚冠的年齡，時任內閣大學士的沈一貫上疏，收到立竿見影的奇效。沈疏中「多子多孫」苦勸明神宗早立太子，神宗遂詔將行冊立太子禮，立長子朱常洛爲太子。

　　鄭貴妃因此與明神宗鬧翻，使明神宗動搖，又藉口「典禮未備」，要改期冊立太子。此時，沈一貫即將明神宗手詔封還，堅決不同意冊立改期。明神宗遂下定決心，於十月十五正式冊立朱常洛爲太子，封朱常洵爲福王。

　　羣黨之爭

　　明朝中期黨爭劇烈，有名有勢的大黨有閹黨，浙黨和東林黨，沈一貫即是浙黨（或「齊楚浙黨」）的領袖人物。

　　萬曆二十七年（1599年），己亥京察，北察主計人時任吏部尚書的李戴在沈一貫授意下大力打擊政敵。

　　萬曆三十二年（1604年），吏部郎中顧憲成觸怒萬曆帝而遭革職，遂與高攀龍、錢一本等士人在老家無錫東林書院講學，常評議朝政褒貶人物，形成政治勢力，世稱「東林黨」。同時有宦官集團，網眼遍佈朝野，世稱「閹黨」。與此同時，沈一貫大權在握，遂糾結京師的浙江籍官僚，形成「浙黨」，與東林黨爭鋒相對，又與閹黨時相唱和。時有小派系，一爲以官應震、吳亮嗣等爲領導人物的「楚黨」，一爲以山東籍官僚爲主的，稱「齊黨」，楚黨與齊黨常依附於浙黨，合稱作「齊楚浙黨」。另有同以地緣關係結成的「宣黨」和「昆黨」。諸黨相互攻訐，相互算計坑害，互不相讓，致使黨爭綿延數十年，朝野不得安寧。

　　萬曆三十三年（1605年）乙巳京察，此次黨爭以沈氏的全面獲勝而終。

　　萬曆三十四年（1606年），南京吏部給事中陳良訓、御史孫居相再次上疏彈劾沈一貫。是謂「京察之爭」沈一貫離職後，黨爭仍不息止，京察一事一鬧再鬧。

　　萬曆四十五年（1617年），浙黨官員掌管京察，大肆打擊陷害東林黨人。

　　萬曆四十八年（1620年），移宮案爆發，東林黨人楊漣、左光鬥等因「護駕有功」，被重新啓用。

　　天啓三年（1623年），東林黨官員主持京察時，又大力反擊，驅逐齊楚浙黨人士。

　　朋黨領袖

　　浙黨是在沈一貫蒙上箝下、排斥異己、遍置私人的過程中形成和發展起來的。浙黨逐步的形成、勢力的擴張與沈一貫在朝廷中的地位水漲船高,與萬曆一朝的國政大事息息相關,而且浙黨對萬曆中後期政局的影響是深遠的。浙黨是明末朋黨中最早形成的一個黨派,浙黨在沈一貫爲內閣首輔的時期(萬曆三十年代左右)保有相當強的朝中勢力,左右着當時的朝政大事,使朝中只有浙黨之是非而沒有公理之是非。

　　初入官場

　　沈一貫是鄞縣（今浙江寧波鄞州）人。隆慶二年（1568年）沈一貫38歲，科舉考試中考中成爲三甲進士136名，當選庶吉士，不久授予他檢討的官職。 [2]  明例在二甲36名後成爲首輔的很少，但沈一貫做到了。

　　仕途不順

　　萬曆二年（1574年），出任會試同考官，之後歷任翰林院編修、日講官兼經筵講官。因關於忠孝的言論使張居正認爲沈一貫在諷刺自己，長期被閒置不用。張居正死後改任左春坊左中允兼翰林院編修，歷任侍讀學士、右春坊右諭德、吏部左侍郎兼侍讀學士，加太子賓客。

　　萬曆十二年（1584年），升作詹事府少詹事，兼翰林院侍讀學士，教習庶吉士，爲郭正域師。

　　平步青雲

　　萬曆二十二年（1594年），皇帝重新任命沈一貫爲南京禮部尚書，不久後又讓他成爲正史副總裁，協理詹事府，但沈一貫並未赴任。

　　萬曆二十三年（1595年），沈一貫以東閣大學士參與機務。

　　適逢王錫爵、趙志皋、張位同在內閣任職，正巧有旨意讓他們推舉閣臣。吏部官員推薦前首輔王家屏和沈一貫等七人給皇帝。皇帝恰巧剛剛對王家屏產生怒意，因此問責尚書陳有年。陳有年稱病隱退。而沈一貫很長時間沒有出仕，因此名聲很好。正好閣臣又大力推薦薦他，因此下詔讓沈一貫出任尚書兼東閣大學士，和陳於陛一同入閣處理軍機大事，並讓他和家人立即啓程。

　　此時的沈一貫並不是首輔，首輔是趙志皋，志皋秉政十年，不植黨，不怙權，穩重得大體，臨下寬和，臣僚獲得罪者，多盡力解救。但沈一貫爲人陰險圓滑，手段強勢，入閣當年就將公然頂撞他的著名言官袁可立尋端罷官，沈一貫與沈鯉不和，袁可立和沈鯉同爲睢陽（今屬河南商丘）人。「又因某御史觸怒，輔臣（沈一貫）以他事慫上怒，將廷杖嚴譴。諸御史共詣輔臣，求其伸救。輔臣以聖意爲解，公（袁可立）於末座笑呼之曰：「特相公不肯捄耳！」衆皆愕眙。公夷然不屑，論益剴直。輔臣目之曰：「末座白皙者何人？」 知爲公，思有以中，乃於十二月降三級調外任用。因吏部疏捄，於丙申（1596年）正月奉旨降雜職邊方用。因輔臣疏捄，奉旨革職爲民。」（董其昌《節寰袁公行狀》）這裏可以看出沈一貫看到吏部疏救袁可立反而被萬曆皇帝加罪「降雜職邊方用」，於是沈一貫和萬曆皇帝上演了一場雙簧，沈一貫最終以「輔臣疏捄」而激萬曆皇帝將袁可立「革職爲民」。

　　萬曆二十九年（1601年）十一月，成爲當朝首輔。

　　礦稅之禍

　　萬曆朝中，苛捐雜稅，尤以礦稅爲重。稅吏趁機橫徵暴斂，民間怨聲載道。

　　萬曆三十年（1602年）2月，萬曆帝突然染疾，急召首輔沈一貫和諸內閣大學士到啓祥宮後殿西暖閣議事。萬曆帝說：「我已病重，在位已久，已沒有什麼憾事了。我將太子託付給你，要盡力輔佐。初設礦稅礦監，實出不得已，因京城大殿未能完工。現工程可以叫停，礦監也可統統召回。釋放囚禁很久的囚犯，因上書建言而獲罪的諸位大臣都官復原職，並接受給事中和御史大夫的諫言。」萬曆帝言畢，沈一貫即慟哭，太後、太子、諸王羣臣都哭了起來。沈一貫遂立馬擬旨。當夜，羣臣都在宮中通宵議擬。

　　第二天，萬曆帝身體有所恢復，卻對昨日的決定深感後悔。便令太監急至內閣中，要追回諭旨，前後共計20餘人次。並口諭：釋放囚犯，聽取直諫大臣的意見就像昨天所說的，但是礦稅卻不可以罷免。沈一貫並不想交出聖旨，但是中使甚至磕頭都出了血，迫切要沈一貫交出聖旨。沈一貫無奈，只好交還。吏部尚書李戴、左都御史溫純第二天就把聖旨頒示天下開始實施，刑部尚書蕭大亨則說刑獄的事情須要再向萬曆帝請示。沒有幾天，事情就發生了變化。太僕卿幾天後奉萬曆帝諭旨，不再釋放囚犯。

　　萬曆帝想要追回成命的時候，司禮太監田義曾據理力爭，認爲此聖旨不可交回，觸怒萬曆帝。萬曆帝甚至氣得抽劍要處決田義。田義仍持論不畏，此時正巧太監急匆匆從沈一貫處送回聖旨。幾日後，田義遇到沈一貫即唾罵道：「相公你要是稍稍再堅持一會，礦稅就能撤銷，爲何如此膽怯！」 

　　自此以後，朝廷大臣再上書有關礦稅之事，萬曆帝都不再聽取。終萬曆一朝，礦稅之弊不能除，積害很深。

　　楚太子案

　　萬曆三十一年（1603年），時任楚王府鎮國將軍的華勣派人上告，說華奎不是楚恭王的兒子，不應該繼承楚王的位置。

　　據史料記載，隆慶五年（1571年），封藩於湖北武昌的楚恭王因病去世。楚王宮中有一位宮人胡氏，已經懷孕但尚未生產。不久後生下孿生子華奎和華壁。 [12]  但是有的人說楚王府的內官郭綸用楚王妃哥哥王如言的妾室尤金梅的兒子冒充華奎，用王妃的族人王玉子冒充華壁。儀賓汪若泉曾經試着上奏此事，但卻被壓下。而在萬曆八年（1580年），華奎繼承了楚王的爵位，華壁受封爲宣化王。楚王宗人華勣，並不畏懼楚王府的威懾。並且華勣的妻子是王如言的女兒，因此華勣對這件事知之甚詳。 

　　沈一貫因爲得到了楚王的貴重的賄賂，因此下令讓通政不要上奏這份奏章。一個月以後，反而先上陳了華奎彈劾華勣欺君罔上的四個罪名的奏疏。楚人郭正域一直都聽說過這件事，因此請旨勘察這件事的真假再行定奪。郭正域把前任楚王的遺書上奏皇帝，皇帝並未聽信，不久後朝臣討論此事，沈一貫仍然包庇楚王，並唆使錢夢皋和楊應文彈劾郭正域，讓他離職等候調查，華勣等人也都因此獲罪。郭正域還未返家，「妖書案」就爆發了。

　　妖書謎案

　　申時行離職，沈鯉與沈一貫同入內閣。申時行雖然退隱卻並未遠離政事，他寫了一封短信寄予沈一貫，上面只有寥寥幾字：「『藍面賊』來了，快準備好盾牌啊！」（沈鯉面色青黑，因此被稱爲藍面賊）。沈一貫上臺果然與沈鯉處處不合。

　　當時有知情士人（時匿名，後傳爲趙士禎所作）刊刻有《續憂危竑議》揭帖，其中明列奸賢，抨擊弊政，廣爲傳佈，是爲「妖書」。此書觸怒萬曆帝，遂下令戒嚴並窮搜作者。時內閣僅三人：首輔沈一貫，次輔朱賡、沈鯉。沈一貫和朱賡均被列名於妖書中，而沈鯉卻榜上無名，沈一貫於是懷疑妖書爲沈鯉一手炮製。郭正域爲沈鯉得意門生，又與沈一貫派系有前嫌，因此也被列爲懷疑打擊對象。

　　沈一貫聯合錢夢皋，彈劾沈鯉和郭正域，引發大獄。郭正域被詔捕，沈鯉被搜家，隨後又牽出僧人達觀和醫生沈令譽。達觀和沈令譽均遭嚴刑拷打，達觀致死，但仍未能如沈一貫所願給郭正域等人定罪。郭正域亦得時漕運總督李三才出手相救，方纔保住性命。

　　當時多人紛紛冒出攪局，如錦衣衛都督王之禎等揭發周嘉慶，使案情複雜化。因審訊龐雜致使拖延，明神宗震怒，人人求自保。遂尋得舉子皦生光，屈打成招，草草結案，皦被凌遲處死。

　　乙巳京察

　　萬曆三十三年（1605）東林黨人時吏部侍郎楊時喬主持京察，史稱乙巳京察。東林黨人藉機打擊浙黨，楊時喬與左都御史溫純等彈劾錢夢皋，錢夢皋遭到謫貶，引起浙黨記恨。沈一貫上書明神宗，極陳考察不公，請求降旨讓錢夢皋等人官復原職。補缺郎中劉元珍上疏再力劾錢夢皋，疏中旁擊沈一貫。明神宗讓羣臣商議，沈一貫急忙爲自己辯解，以減輕自己的嫌疑。錢夢皋也詆譭劉元珍，說他是溫純等人的爪牙。神宗都沒有聽信。時隔不久，神宗以向言官效力的緣故貶劉元珍一秩（即十年），並將他調往邊遠地區任職。沈一貫假裝要救他，給事中、御史侯慶遠、葉永盛等也同沈一貫發生爭執，神宗並未同意。吏部員外郎賀燦然、南京御史朱吾弼相繼上疏，認爲這次「京察」未能達到預期要求；兵部主事龐時雍也上疏指斥沈一貫的累累罪行。這些行爲都沒有扳倒沈一貫，反而使得神宗大怒，命將龐時雍、賀燦然連同劉元珍均貶三秩，降調至邊遠地區。御史侯慶遠、李冉等人又挺身而出，申救他們，神宗不聽。適逢御史周家棟直指時政弊端，因言語過於激烈，使得神宗遷怒於劉元珍等人，並將劉元珍等人除名削籍。雖然免去了錢夢皋等人職務，但沈一貫仍爲內閣首輔。此次黨爭遂以沈一貫及其門人的全面獲勝而告終。

　　萬曆三十四年（1606），南京吏部給事中陳良訓、御史孫居相再次上疏彈劾沈一貫。

　　辭官去世

　　自萬曆三十四年（1606年）考察京官遭到彈劾後，沈一貫憤而請退。皇帝爲了好的名聲讓沈一貫以首輔的資歷榮歸故裏。沈鯉也同時被罷免，但只有沈一貫得到較爲溫和的旨意。人、時人普遍任務沈一貫非常得皇帝的喜愛。

　　一貫辭官回鄉後，上書諫言的人仍然沒有停止對他的議論，沈一貫家鄉的人也大多受到世人的誤解與詆譭。沈一貫在職的時候，官職累加至太子太保兼少師、吏部尚書、建極殿大學士。歸鄉十年後去世，賜太傅，諡號文恭。