曹學佺畢生好學，對文學、詩詞、地理、天文、禪理、音律、諸子百家等都有研究，尤其工於詩詞，寫景抒情詩是他的特長。他的私人藏書量達到上萬卷，儲於「汗竹齋」有《汗竹齋藏書目》。徐火勃記道：「予友鄧原若、謝肇淛、曹學佺皆有書嗜，曹氏藏書則丹鉛滿卷，枕籍沈酣。」在文學方面，他與徐火勃、謝肇浙等人在詩文上頗有建樹，並帶動了自明朝中期以來沉寂的閩中文壇，被認爲是明末福建文苑的復興者。他與李贄、焦竑等學者都有交往，這兩人對他的思想影響很大。同時他也接受了許多佛教思想。他將佛教的出世解脫和儒家的入世精神統一起來，因而其思想開闊，雖然在官場多年，但功名之心並不太深，內心追求幽靜。曹學佺因先後兩次罷職，家居「石倉園」中，著書20年，曾謂：佛家有佛藏，道家有道藏，儒家豈可獨無。決心修儒藏與之鼎立。於是，採擷四庫書，分類編纂，歷時10餘年，未完稿而明亡。

　　其一生著書多達30多種，輯有《石倉十二代詩選》。《周易可說》七卷，《書傳會衷》十卷，《詩經質疑》六卷，《春秋闡義》十二卷，《春秋義略》三卷，《蜀中人物記》六卷，《一統名勝志》一百九十八卷，《蜀漢地理補》二卷，《蜀郡縣古今通釋》四卷，《蜀中風土記》四卷，《方物記》十二卷，《蜀畫記》四卷，《蜀中神仙記》十卷，《蜀中高僧記》十卷，《石倉詩文集》一百卷，《石倉十二代詩選》八百八十八卷，《蜀中詩話》四卷，另外還有《宋詩選》四十九卷，所有作品共計1329卷。他的著作如《石倉詩文集》因爲在清初被列爲禁書而失傳。仍流傳在世的有名的作品包括了《一統名勝志》一百九十八卷與《石倉十二代詩選》，另外福建師範大學藏有《曹大理詩文集》十二冊（不全），日本東京藏有《曹能始先生石倉全集》一百卷。

　　晚明的福建，一度也是書家畫人的搖籃，曹學佺以其才華名列「閩中十才子」之首。據稱，在林則徐的福州府第「七十二峯樓」的大堂中，懸掛的就是曹學佺的《貞松圖》。步作洗泉詩軸，行筆如行雲流水、抑揚頓挫，得晉唐風尚，無嬌揉做作之態，顯露出溫婉敦和、落落坦然的君子氣象。

　　初任閒職

　　曹學佺於萬曆二年（1574）出生在福州侯官縣洪塘鄉的一個小商販家庭。父曹極渠，賣餅爲生，母親早逝，家庭貧寒。

　　曹學佺自幼好學，曾在長樂上學，十八歲入府學，萬曆十九年（1591）中舉人，萬曆二十年（1592）會試落第後，回鄉與龔用卿之女結婚。當時龔用卿已辭官在家，藉助龔用卿的關係，曹學佺得以結識鄉紳名流。萬曆二十二年（1594）冬，再赴北京備考次年的春闈考試，並有機會和諸多名士交流。

　　在萬曆二十三年（1595）乙未科會試中，曹學佺以二甲五十名考取進士。會試時，策問「車戰」，答曰：「臣南人也，不諳車戰，請以舟戰論。」因而詳陳舟戰之法。考官張位奇其才，初定第一，因不能破例，改爲第十名，授戶部主事。後張位被罷官，其門生故吏不敢前往看望，獨有曹學佺帶許多幹糧趕往碼頭爲之送行。事爲執政所聞，遂摘取曹學佺會試卷中言論，斥爲「險怪不經」，被調任南京大理寺左寺正的閒職，之後又任南京戶部郎中。在任閒職七年間，曹學佺精心研究學問。

　　被劾去職

　　萬曆三十七年（1609），曹學佺任四川右參政。當時，四川發生災荒，曹學佺設廠煮粥，賑濟饑民，又將饑荒情況繪圖上報，獲準發放300萬兩賑濟款，「蜀人詫爲三百年未有之殊恩」。四川有行、坐二稅，行稅取自商賈，坐稅取自百姓。饑荒後百姓多逃亡，坐稅無所出，曹學佺以歷年行稅盈餘抵作本年坐稅，使百姓免受追比之苦，而貪官污吏卻因少去搜刮機會而生怨。蜀王府毀於火災，蜀王要地方官籌資70萬兩修復，曹學佺援宗藩條例予以拒絕。四川道路險絕，曹學佺集資修復不少道路、橋樑，受到行旅的好評。

　　萬曆三十九年(1611)，曹學佺升任四川按察使。萬曆四十一年（1613）考績，因得罪蜀王爲其所謗，被罷職，蜀人遮道相送。是年，曹學佺回籍，在故鄉洪塘建石倉園，藏書萬卷。時常邀請文友，賦詩會文，談今論古，並創劇社「儒林班」，閩中文風因之昌盛。

　　天啓二年（1622），曹學佺被起用爲廣西右參議。桂林宗室素來驕橫，常有不法行爲，曹學佺執法不阿，遇宗室犯法者，即命主管官吏究治；又親自反覆開導，使宗室肅然奉法。有人倚仗宗室勢力，私鑄錢幣，曹學佺嚴逮問罪，不稍寬縱，私鑄之風遂斂；錢局舞弊營私，兩年中贏利僅千餘金，經曹學佺訂立制度，嚴加管束，一年獲利5000金。廣西少數民族衆多，官吏、差役敲詐勒索，駐軍責供給酒食，騷擾不已，經常激起民變。曹學佺對官吏、差役嚴加約束，改置營鎮於他處，嚴禁駐軍騷擾，局勢很快恢復安定。

　　天啓六年（1626）秋，曹學佺遷陝西副布政使，尚未赴任，突生變故。事因其在所著《野史紀略》中直書「梃擊案「本末，魏忠賢黨羽劉廷之挾嫌劾之，謂「私撰國史，淆亂是非」。曹學佺被囚禁70天後削職爲民，《野史紀略》書版被毀。

　　崇禎（1628～1644）初年，曹學佺又被起用爲廣西副使，但力辭不就。當時，福建沿海海盜猖獗，曹學佺建議當局在閩江口梅花、雙龜一帶屯兵並建碉堡、編居民，共同防守；又條陳機宜九事。當局採納其建議，海寇從此遠遁。曹學佺熱心故鄉公益事業，曾籌資疏浚城內外河道與西湖，並建造洪山、萬安、桐口3座橋樑。鄉人感其德，在洪山橋頭立祠塑像以祀。

　　國破身殉

　　崇禎十七年（1644），李自成起義軍攻入北京，崇禎帝自縊。曹學佺聞訊，投池自殺，爲家人所救。次年，唐王朱聿鍵在福州即帝位，改元隆武。曹學佺進見，被授爲太常寺卿，不久遷禮部侍郎兼侍講學士。以纂修《崇禎實錄》，進禮部尚書，加太子太保。當時諸事草創，朝中大事由曹學佺和大學士黃道周參決。

　　隆武二年（1646），力贊隆武帝親徵收復失地，因年邁不能從行，便捐銀萬兩助餉。同年八月，隆武帝親徵失敗。清軍於當年進入福建，鄭芝龍降清，隆武帝在逃亡汀州的途中被俘，絕食而死。九月十七日，清軍攻陷福州，次日，曹學佺香湯沐浴，整頓衣冠，在西峯裏家中自縊殉國，死前留下絕命聯：「生前單管筆，死後一條繩。」另有說法稱他是在鼓山湧泉寺自縊的。曹學佺死後，其家被清兵所抄，家人也遭逮捕，藏書被清軍搶光。魯王監國追諡他爲「文忠」。清乾隆十一年（1746），即曹學佺逝世一百年之後，清政府追諡他爲「忠節」。